For mere end 10 år siden blev et gen opdaget, hvis mutationer fører til udviklingen af sygdommen HIGM1. I 1993 blev resultaterne af fem uafhængige forskningsgrupper udgivet, der viser, at mutationer i genet for CD40-liganden (CD40L) er en molekylær defekt, der ligger til grund for Xt-kædet form af hyper-IgM-syndrom. Genet, som koder for gp39 (CD154) - CD40L-proteinet, er placeret på den lange arm af X-kromosomet (Xq26-27). CD40-liganden udtrykkes på overfladen af aktiverede T-lymfocytter.