Hvert primært lipoprotein er karakteriseret ved tilstedeværelsen af et individuelt protein (apolipoprotein), der kun er iboende i det. Apolipoproteiner betegnes med latinske bogstaver, og nogle af dem repræsenterer en familie af proteiner og er yderligere betegnet med tal (for eksempel apo-A1, apo-A2 osv.).