Alloimmune, eller isoimmune, neutropeni hos nyfødte forekommer i fosteret på grund af den antigeniske uforenelighed af neutrofilerne hos fosteret og moderen. Isoantistikkerne af moderen tilhører IgG-klassen, de trænger ind i placenta-barrieren og ødelægger barnets neutrofiler. Isoantistoffer er normalt leukoagglutininer, de reagerer med patientens celler og hans far, reagerer ikke med moderens celler.