Oftest pseudomembranøs colitis udvikler under indflydelse af langvarig brug af antibiotika ampicillin, lincomycin, klinda-mitsina, cephalosporiner, i hvert fald - penicillin, erythromycin, chloramphenicol, tetracyclin. Clostridium difficile - sporedannende grampositive anaerob bacillus, som er i stand til at producere to typer af exotoksiner toksin A og toksin B. Der er fire hovedårsager til udvikling af pseudomembranøs colitis forbundet med C. Difficile.