Etomidat er et carboxyleret imidazolderivat. Det består af to isomerer, men kun 11(+)-isomeren er det aktive stof. Ligesom midazolam, der indeholder en imidazolring, gennemgår lægemidlerne intramolekylær omlejring ved fysiologisk pH, hvorved ringen lukkes, og molekylet bliver lipidopløseligt.