Behandling af meningokokinfektion afhænger af sygdommens kliniske form. Med nasopharyngitis er terapi symptomatisk. Hvis diagnosen bekræftes bakteriologisk, brug benzylpenicillin, ampicillin, cephalosporiner I-II generation, chloramphenicol, pefloxacin i gennemsnitlige terapeutiske doser i 3 dage. Brug ikke co-trimoxazol, aminoglycosider, som de fleste af de nuværende eksisterende meningokokstammer er stabile på.