Afgørende for bekræftelse af diagnosen har pneumocystose påvisning af patogener. Grundmateriale til undersøgelse - spyt, bronkiale sekreter, vaske opnået ved vask af bronkier eller bronkoalveolær lavage, lunge vævssnit taget af transbronkial, perkutan eller åben biopsi. Oftere end ikke på grund af den alvorlige tilstand af patienten, har disse manipulationer ikke ske for at undgå komplikationer.