Pestens årsagsmiddel er en lille, polymorf, fast, immobiliseret stang Yersinia pestis fra familien Enterobacteriaceae af slægten Yersinia. Har en slimhindekapsel, udgør ikke en spore. Fakultativ anaerob. Det er farvet af bipolære anilinfarvestoffer (mere intensivt omkring kanterne). Isolér rotte, jordmask, gopher, flyvning og sandede sorter af pest bakterier.