MR-scanning evaluerer tilstanden af hjernestrukturer ud fra deres omrids, størrelser og vævstæthed. Det er vigtigt at bemærke, at MR-scanning afspejler vævstætheden afhængigt af deres vandindhold og derfor primært identificerer sådanne læsioner som hævelse i hjernen (CED), demyeliniserende sygdomme og tumorer.