Flåtbåren encephalitis er forårsaget af en flavivirus, der overføres af ixodide flåter. Der er beskrevet tilfælde af infektion gennem frisk mælk. Efter en 10-dages inkubationsperiode manifesterer det sig som katarr, feber, hovedpine, ledsmerter og læsioner i centralnervesystemet (encephalitis - 30%, meningitis - 60%, meningoencephalitis - 10%). Vaccination mod flåtbåren encephalitis i endemiske områder har ført til et fald i forekomsten.