Bestemmelsen af antistoffer mod den mikrosomale del af skjoldbruskkirtlen anvendes til at diagnosticere autoimmun thyroiditis og hypothyroidisme, hvor niveauet af antistoffer i blodet stiger. Antistoffer til skjoldbruskkirtelmikrosomer danner immunkomplekser på celleoverfladen, aktiverer komplement og cytotoksiske lymfocytter, hvilket fører til celledbrydning og dannelse af en inflammatorisk proces i skjoldbruskkirtlen.