Alle probiotika er opdelt i flere grupper afhængigt af, hvad der ligger til grund for klassificeringen. Et probiotikum kan indeholde flere komponenter, i denne henseende skelnes der mellem monokomponentpræparater, som kun har én specifik type bakterier. Disse mikroorganismer er utvivlsomt nyttige for tarmene, især for mikrofloraen.