Alle probiotika er opdelt i flere grupper afhængigt af, hvad der er grundlaget for klassifikationen. Den probiotiske sammensætning kan indeholde adskillige bestanddele, i den forbindelse isoleres monokomponentpræparater, som kun har en specifik type bakterier. Disse mikroorganismer er utvivlsomt nyttige til tarmene, især for mikroflora.