Funktionel MRR er baseret på øget blodgennemstrømning i hjernen som reaktion på en stigning i cortexs neuronale aktivitet under virkningen af den tilsvarende stimulus. Kortlægning af hjerneaktivitet giver os mulighed for at identificere områder af neuronal aktivering, der opstår som reaktion på stimulering (motorisk, sensorisk og andre stimuli).